Brownian dynamics - chain models の勉強。 昨日の続き。 Larson (2005) の review を読み直し。 いくつか typo を見つけた。 unfamiliar な分野だと、専門家には trivial な typo も それと見分けるのに時間がかかる、というのは仕方ないし、 必ずこの過程…

論文の最終校正。 約束の時間に来るも、不在。 メールしておくと、程なく alex が彼の改訂を持ってきた。 その改訂を打ち込んでいたら、ボスが準備OKということで 三人で改訂部分を議論。２時間で終了。 最終案を打ち込む(Rev 2.4)。 みんなにメールして、私…

use "prb" mode in revtex (for superscript citing). use "nobibnotes" option to put \thanks{} message on the footnote. to BOLD the number of the reference list, put \renewcommand{\bibnumfmt}[1]{\textbf{#1.}} in the preamble. Then, it'll be 1…

Brownian dynamics - chain models の勉強。 これまで集めた文献から関連箇所を収集。いろいろ読み直し。 それぞれ notation がまちまちで、いくつか整合性が取れてなかったりで、 未だ頭の中がまとまらず。

論文の改訂。 IBM seminar で alex の隣に座ったので、 論文の再投稿の件を remind しておく。 今日の時点での alex のコメントを反映。 最終ミーティングを明日持ちましょう、ということに。

の為に、早起き（の為に早寝）。まともな社会人並に９時に職場に。 IBM のユニークさは、まぁまぁ分かったかな （セールス・トーク半分なんだろうけれど）。予備知識がゼロだったから、 その道の人たちにとっては既知なことばかりだったのかもしれないが。 c…

例の続き。 CD からのインストールでは、何もインストールされてなくて驚く…… make も C compiler も。 なので、昨日 DVD から package の directory を（window98で） もってきて、その辺の足りないものをインストールした。 あと、 hostap-util と firmwar…

Brownian dynamics 実装モード。 時間積分、 mid-point は done. Banchio-Brady (2003) も実装してみる。 ついでに Ball-Melrose (1997) も。 出来た。未チェック。

予定どおり、今日 fedex にて配達された。 所有者が早速起動していたが、問題なく立ち上がり、 HDD も無事だったようで一安心。 何しろバックアップ取ろうにも電源が入らないのだから、どうしようもなかった…… 分解して HDD を取り出して、別のマシンに繋い…

Brownian dynamics いざ計算しようと思ったら、動かない。 設定ファイルを update, ポインター受け渡しに失敗している部分を debug, ついでに懸念の overlap チェックも polish-up. コードは実際に動かしてみないとダメだ、ということ。 完成。 サンプル（lu…

数値的な lubrication の追い込み 新しい結果を解析。と追加計算を流す。 結果をぼっと眺めていたら急に何か根本的に間違っている気がしてきた。アプローチの話。 理論をきちんと押さえなければならない、という話。

引用： ジョルジュ・ブスケも…… 「日本人の生活はシンプルだから貧しい者はいっぱいいるが、 そこには悲惨というものはない」と書き… エドウィン・アーノルドは、 「日本の最も貧しい家庭でさえ、醜いものは皆無だ。 お櫃（ひつ）から簪（かんざし）にいたる…

別のポンコツ（i1200）の一部に openSUSE を（また）入れてみた。 サマリー：これまでの computers 7/7/2006：現役復帰(?) こいつ、 DVD drive を持ってないので、 CD でもう一枚焼いた。 （同じじゃつまらないので今度は KDE.） まぁ昨日の今日なので パー…

比較的暖かく、天気もよく、落ち葉が風に舞っていて、よい散歩日和だった。 川まで行こうと言っていたが、いつまでたっても川にたどり着かないので、 スキー場を登って帰宅。 腹が減ったので、速攻で slow food なハンバーガー（チーズ・ベーコン・卵バーガ…

既に修理を終えてこちらに発送した、というメールが来たらしい。 （行きは Pulorator だったが、帰りは Fedex らしい。） 何だ Acer やるじゃないか、と思う半面、 この（電源）トラブルはきっと簡単なことで復旧できるのだろうな、 とか可愛くないことを考…

Brownian dynamics BD の code に手を入れる （10/4/2007に overlap で挫折して 勉強モードに潜って以来だ）。 coding は盆栽みたいなもんだな。時々手を入れてやらないといけない。 コード的に少し見通しがよくなった気がする。 10/20/2007: コードの剪定。

pv に curses で interactive モードを追加した。 gWaoN に付けていたものみたいに、リアル・タイムで再生速度と音程が変えられる。 もちろん範囲指定して loop する。 gWaoN のそれは FFT 解析（譜面化、つまり WaoN）への asist というか visualization が…

二人で庭に出てたら隣のおじさんも庭に出てきて、 「最近ワンコが一匹しか見えないけど」と声をかけたら、 唐突に「死んだんだ」と。 一回り体の大きくて威張ってたお兄ちゃんの方。 ウィルスだと言っていた。聞いた我々（の内の特に、庭仕事などで付き合い…

Brownian dynamics 時間積分について勉強 -- polymer chain 絡み。 何か色々と議論され、開発されているようだ。 ノートにまとめ。 6/20/2008: Somasi et al (2002) および Hsieh et al (2003) のこと。

月曜が休みだったので、あっという間だ。

Brownian dynamics これまで集めっ放しになっていた前の文献もこの際、整理しておく。 時間積分の色々についてノートにまとめ。

論文の改訂。 bibliography のフォーマットを修正しておく。 bibtex で作った bbl を直接 cut-and-paste して、 そいつを手で修正（するのが、一番手っ取り早い）。 あと、最後のリストの番号を bold にするべきみたいなんだが、 revtex の thebibliography …

SUSE-Linux 10.1 が乗ってるマシン。 とりあえず復旧したが、原因は不明。 MBR がおかしくなったのかもしれない。 何でかは知らないが。

先日オンラインで依頼しておいた修理の pick-up が、無事にやってきた（らしい）。 いや実の所、きちんと来るかどうか 50-50 な気分だったのだが、よかったよかった。 10/11/2007 付記：トラッキングしてみたら既に missassaga に届いたらしい。 懐かしいな…

Brownian dynamics 最近ぼちぼちと集めていた文献を整理。 しかしこの辺りは、掘れば掘るほど出てきて、なかなか底にたどり着けないな。

論文の改訂。 文献引用のスタイルを修正。 指摘のあったプレゼン面の修正。 グラーマーの方はまぁ出来る範囲で。(Rev 2.2) 各位にメールしておく。

気がつけば千プラス２００を越えている。すごいな。

update the web pages about the port for FreeBSD. (cf.10/8/2007)

数値的な lubrication の追い込み 地道に、新しい結果の解析と追加計算の放流。

先日の論文 （と言っても、それしかないけど）が受理された。 invited とは言え、内容に突っ込んだコメントが一切ないというのは、拍子抜け。 とりあえず editorial な修正、 あと reference を補充して (cf.9/6/2007)、 印刷。 7/28/2008: 突然、ゲラが届く…