実は今夜はhalloween nightで、（飲み屋だったので子供ではなく） 若者のお化けがたくさん出現していた。で、後半、急に大音響で騒がしくなって、 話ができなくなった……。 帰宅は結局１１時になっていた。モンちは待ちくたびれていたみたい。

CF-cylinder @ westgrid robson での計算： 一昨日投入したjobがずっと詰まっていたが、 やっと流れ始めたようだ。 11/5/2008: 終了（予定どおり）。 glacier での計算： 200系列（10/30/2008）の追加jobを流す。

ev-dh の高速化。 詳細なテスト（昨日言っていた奴）。 full に粒子loopを回したときの粒子pairと、 gridを使ったときの粒子pairを、直接１対１比較するテスト。 問題なし。 grid で NN list まで作るようにする。 実際に pair loop を使う場面で簡単になる…

CF-cylinder @ westgrid glacier での計算： 200系列も揃えておこう、ということで、まずは free を一本流しておく。 10/31/2008: 200系列、追加のjobも投入。

ev-dh の高速化。 並列化は簡単にはいきそうにないので（10/29/2008）、 本筋にタックル（10/27/2008）。 テスト場所でcoding開始。 一通り実装済み。 一通りテストを通過。 libstokes に持っていく。 cvs treeに登録済み。 部品はできた。本体にどう組み込…

ちょっと疲れが溜まってるかな。

CF-cylinder @ westgrid glacier の計算： 流していたjobsが一通り終了していたので、回収。 freeを見るが、全然足りてないので、すべてcontinueしておく。 robson の計算： N=400のcylinder30を流してなかったので、入れておく。 夜中、確認したら、こちら…

並列化（OpenMP）。 ev-dhのOpenMP版： さてさて、こいつは reduction を使えばいいのだな （と昨日の勉強から）、 とやってみるが、文句を言われる。 調べてみたら、 reduction に配列は使えない（Cの場合）だと……ガックシ。 API version 3.0 (PDF) でもそ…

原因に対する今の guess は、 gnome-session が session id を付けて管理しているみたいなのだけど、 その辺りのゴチャゴチャではないかな、と。 今の状況は、 network の関係なのか、 application の立ち上がりが一般に遅い （time-out を待ってから来てい…

CF-cylinder @ westgrid robson, glacier の計算、現状を確認しておく。

並列化（OpenMP）。 もうちょっとしっかり勉強してみる。つまり tutorial ではなくて、きちんと API に目を通してみる、と。 version 3.0: www.openmp.org/mp-documents/spec30.pdf version 2.5: www.openmp.org/mp-documents/spec25.pdf やっと、 private, …

「尚子現役引退も「生涯ジョガー」宣言」@nikkansports 過去の link: 11/19/2006: マラソンで、高橋尚子が負けたようだが……報道の偏り。 11/16/2003: 何かのマラソンで惨敗したとき。 9/30/2001: 高橋尚子、世界記録で優勝。 10/17/2000: 国民栄誉賞に対して…

CF-cylinder @ westgrid glacier での計算、現状を確認しておく。

並列化（OpenMP）。 昨日の続き。 非周期のA.xのOpenMP版： うまくいかない原因、判明： private にするべき配列を落としていた。 これで、結果は正しくなった。 performance をチェック。 bench.c の ptime_ms_d で計算時間を見ている （これは getrusage …

こんにゃくゼリーの話から、食べ物を詰まらせる話題が今、 価値があるということなんだろうが、ここまで露骨にされると （台湾の出来事まで引っ張ってきている）、 ニュース（メディア）とは何なんだろうと思ってしまうな。 一方で、 「安心して産める社会に…

CF-cylinder @ westgrid robson での計算： 追加のjobsを放流しておく（N=400の細い系列）。 10/29/2008: jobs終了。

並列化の話。 まずは簡単そうな OpenMP を考えてみよう。 OpenMP の情報収集： GCC で使うには -fopenmp を付けるだけでよい。 実験、開始。 まずは非周期のA.x部分をターゲットにする。 何か、うまくいかない。（performance ではなく、結果がおかしい。） …

昨日から一転、雲一つない青空だ。

引用： 彼ら（文科省や大学基準協会）は大学に向かって 「まっとうな教育研究をすることよりも、 『まっとうな教育研究をしていることを証明する仕事』を優先させよ」と言っているのに等しい。 子どもがぴいぴい泣いているのを放っておいて、 「子どもをちゃ…

CF-cylinder @ westgrid robson での計算： 最初に流していた jobs（10/21/2008） が終わっていたので、結果を回収しておく。

それも、すごく寒い。 吹きさらしのfarmよりも谷のravineの方がましだろうと、速攻で下に降りる。 しかし、あまりの強風でまわりの木もミシミシ言ってるし、枝がバラバラと落ちてくるし、 結局、倒木によって道が分断されていて（モンちが進めなかったので）…

CF-cylinder @ westgrid glacier での計算： 昨日投入した job がすべて終了していた。 今度は walltime を陽に設定して再投入。 追加で、細いものも、直鎖から入れておく。 さてここは何本まで job を流せられるのかな？ 今のところ投入した１１本全部走っ…

並列化の話。 やっぱり遅いということと、 あと westgrid では並列化が一般的ということ、 そういう状況なので、ちょっと考えてみよう。 簡単な情報収集。 choice は、主に、 MPI か OpenMP ということみたい。 FreeBSD 7.1-BETA2 でも環境を再構築。 昨日イ…

今日、モンちの散歩の後（最近は、夕方暗くなるのが早いので午前中に行っている）、 切れていたシャンプーをちょっと買いに行ったら、何と今月一杯で閉店だって……。

CF-cylinder @ westgrid robson での計算： N=884 も終了していた。 （10/21/2008 に投入したもの。） １つ開いたので N=400, cylinder20 を投入しておく。 glacier での計算： 環境設定も終わったので、さっそく計算。 robson で今日終わってた 884 をベー…

westgrid での環境構築(glacier)。 昨日の続き。 libstokes/test で詰まる。 うまく link できない。 色々と調べて、判明。 intel compiler で fortran の object (library) を c のコードに link するには -lifort を付ける。 （gcc の -lg2c, gcc4 の -lgf…

何というか「ウキウキ watching」な気分になってしまって、 結局（予定どおり）clearn installしてしまった。 （10/20/2008） 今回は極力 package を使うようにして（-P オプション）、 結構短時間で、何とか使える環境にまで持ってこれた。 10/24/2008: RYU…

何がいいのだろうかと色々と悩ましいのだが、 先日の銀行間の wire transfer は双方からそれなりの手数料を取られて頭に来たので、 別の方法を探していた。 で、今回はとりあえず郵便局で米ドル建ての money order を買って、 それを郵送することにする。999…

CF-cylinder @ westgrid 昨日投入の N=400 が終了した模様。 こいつの最後の config を初期値に、広い方の設定ファイルを準備、 そのうち２つ、ジョブを入れておく。 で、現状をチェックしようとしたら showq が効かない…… qstat というコマンドなら使えた。

westgrid 別のサーバー(glacier)での環境構築。 こいつは IBM のサーバーで Xeon 32-bit の cluster. compiler は intel の icc, ifort. まずは PATH とか LD_LIBRARY_PATH と、見える library とか調べる。 で、おもむろに、構築開始。 libstokes にて YG-s…