今月は半日を潰した。あんまり進展してないなぁ（しつこい）。 back-numbers: 4/3/2007: ４月号 5/1/2007: ５月号 6/1/2007: ６月号 7/4/2007: ７月号 8/1/2007: ８月号 9/6/2007: ９月号 10/1/2007: １０月号 10/31/2007: １１月号 11/30/2007: １２月号 1/…

Linux (bue9) の ryuon 環境を upgrade. ここのところ色々と手を入れているので、離されない内に catch-up。 ついでに libstokes/test suites を大幅に手入れ。 performance について一つの疑問が残る（要チェック）。

ナノ・ドロップレット、超流動、量子モンテカルロと、興味深い subject で、 かつ、しっかりとした仕事だった。（それでも、話者の準備したものの半分までで中断。） いろいろと妄想をかきたてる面白い話だった。つまり、即物的な対象ではない。 というか、…

DIP: 昨日の計算は無事に終了。しかし単に「走った」というだけ。 パラメータを調整しないとダメ。 Pe を上げてみる。（時間刻みも上げないとダメか？） 12/3/2007: 終了。

stokes/stvis-vtk.py の改良。 初期配置を作るとき、 scm file も 3D 的に見たい、ということ。 scm が読み込めれば、今は全粒子を linear に繋ぐだけの -b option も、 正しく処理できるようになる。 試行錯誤の後、結局 libstokes 側で（C の方で） 簡単な…

1/1/2007に買ったもの。 結構、不安定で、電源を切って（というか、スイッチがないのでアダプターを引き抜いて）、 しばらく（といっても最低３分くらい）置いておいて、再び電気を入れる （つまり、アダプターを突っ込む）という作業が、そうだな、数日に一…

libstokes の高速化： 行列版で LAPACK を使っている部分に無駄があった、という話。 （cf. 11/25/2007） まずは、該当部分の修正が本当に高速化されるか確認： test/check-lapack-solve-lin.c を書く。 結果：かなり高速化されることが分かる。 100x100 の…

実験グループの学生二人と会う。 あちらのボスが超多忙で、 あと件のプロジェクトもちょうど学生の引き継ぎと重なってて、 あちら側の現実的なプランは流動的かな。 ネタは私に近（くて、相棒からはちと遠）い。 まぁ私としては、やることは何でもある、とい…

続き： 2 3 4 備忘録として。 1/11/2008: as falls wichita, so falls wichita falls. サマリー：pat metheny

PIP(polymmer in porous medium) めでたく APIAG の bug が取れたので、応用問題として始動。 実は 5/30/2007 に ちょっと demo 計算をしたっ切りだな。

APIAG: 今のコードで結果を確認、続き： 確認のため C でも同じものを書いてみる。 この過程で python code に幾つか（下らない）間違いを見つけた。 結果： C でも python 新旧と同様の振る舞いを確認。 解釈： lub 抜き、 F version でも系統的な違いが見…

実験家との共同研究の件。 先日来、音沙汰がない。 相棒がしびれを切らして再びメールを出したら、あちらから程なく返事が来る。 明日か明後日に会いましょう、と。 9/12/2008: またまた音信不通であるよ。 11/28/2008: 学生二人と会う。

APIAG: 結局 8/25/2007 以来、放置していたもの。 気合を入れて再開させておく。 その時の解析を一通りおさらいしておく。 今見ると、結構いい線まで問題を詰めていたみたい （詰め切れなくて時間切れ、という感じ）。 今のコードで結果を確認。うむ、何やら…

月の初めに立てた計画だが、 予定通りに進んでいない（ということは、 先週も愚痴っていたな、そう言えば）。 今はある意味ちょうど一山越えた所で、 次のターゲットがどれも一癖あって、手を出しあぐねているといった感じだな。 端的に言えば、目標設定が高…

氷点下１０度以下だって。

libiter の整備。 またちょっと API を変更。 収束したかどうかを戻り値で返すことにする。 前処理付き solver も準備。（solve_iter_pc） 高速化の試み（前処理）。 mob-lub の前処理（test-precond.c） lapack の LU 分解で inverse を陽に求めないように…

高速化の試み（前処理）。 mob-lub の前処理（est-precond.c） nearest pair approach はダメ、ということを認識。 次の案として、グルーピングを実装してみる、 かなり荒っぽい近似だが。 組み上がったので、走らせてみる。 セル・サイズを上げると逐次回数…

libiter の整備。 昨日の変更の house keeping など。 test でこけるものの調査。 どうも Bi-CGSTAB は実装に sensitive みたい。 厄介なのは一回発散してから再び（見掛け上）収束しているもの。 （暫定的に）収束だけでなく上限チェックを入れておく。 前…

libiter の整備。 インターフェイスの大幅な見直しを行う。 あと、古い実装を新しいものに置き換え（bi-cgstab.c と orthomin.c）。 test suites も、 libstokes/test 並に整備。 様々なテスト事項のエラーをチェック、 最終結果で全部パスしたかどうか、き…

朝９時にオフィスに入って（月曜は一番乗りだったが、今日は二番だった）、 夕刻、横の同僚に「携帯が鳴ってるぞ」と教えてもらうまで、 それが鳴っていることに気づかなかった。 音楽を聞いていたのもあるが、 coding していると、あっという間に時が経つ。…

高速化の試み（前処理）。 bi-cgstab 群の前処理化。 丸一日をブッ潰したが、できた。 とりあえず test はパスしたので libiter に組み込んでおく。 一通り ATLAS, BLAS, my-BLAS 版を準備したが、ほとんど違いは出てない。

高速化の試み（前処理）。 前処理付き逐次法の実装。 LU 分解を使った線形方程式の解法ルーチン inv_ILU を書く。 まずは CG の前処理版を書く。 libiter の orthomin を前処理化。 まずは今のコードを ALTAS 化する（ほとんど効果はなかったけど）。 実装し…

前回の千夜千冊のエントリー。気になっていたのでついでに記録しておく。 特に引用する箇所もないが、一言で言うと、男は情けない、ということか。 あと、頭でっかちな一貫性なんか無くてよいのだと思った （というのは、元々は ralph emerson から感じたこ…

引用その１、異邦人： この人、いまではちょっとした有名ガイジンである。 日本語で詩や絵本やエッセイを書く混血アメリカ人として知られる。 が、有名ガイジンであることは、どうでもいい。 … 東京に来てからでもすでに十数年、日本人よりずっと深々と 日本…

torous の計算 on bue9。 一応 N=1000 も作ったが、まずは N=200 から。 今回は dt を 0.1 に刻んでおく。

Brownian dynamics 検証 run - 粒子編。 bue9 で週末走らせておいた結果： JGdP だと dt=5e-5 は問題なし。 dt=0.0005 だと途中で止まってた。 bue9(SUSE-Linux) の RYUON の整備。 libstokes の pgcc 版ができた。 が、結果は期待はずれ。 ということで、 b…

高速化の試み（前処理）。 ずっと昔から todo list に入っている物件の一つ。 F-mob-lub に focus して、何かしら実装してみる。 結果：素のものが一番速い……

torous を計算。 するために stokes/python/gen-config.py を改造。 幾つか仕込んでおく。

コードの整備。 WORK/SF/ryuon/stokes/stokes3.c: atimes 版で使う libiter solver パラメータを script で指定できるようにする。 WORK/SF/ryuon/stokes/bench3.c: blob の計算が予想外に遅いので、きちんと押さえておく。 まず open boundary (non-periodi…