ryuon

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  stokes/stvis-vtk.py の改良。
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    初期配置を作るとき、 scm file も 3D 的に見たい、ということ。 scm が読み込めれば、今は全粒子を linear に繋ぐだけの -b option も、 正しく処理できるようになる。
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    試行錯誤の後、結局 libstokes 側で（C の方で） 簡単な wrapper を書くことで対応する。
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    viewer は、 stvis-vtk.py 内に書こうかとおもったけど、 既に充分スパゲッティなので、 暫定的に独立の script (stvis-vtk-scm.py) を書く。
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    帰宅後、 stvis-vtk 系の手入れ。 subroutine を切り出して ryuon_vtk.py という module にする。 stvis-vtk.py と stvis-vtk_.py と stvis-vtk-scm.py で共用。
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  Brownian dynamics
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    時間発展スキーム。
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      11/16/2007 のネタに戻ってくる。
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      Hsieh et al (2006) に目を通してから、 またまた Somasi et al (2002) まで戻る。 やっぱ、自分で組んでみないと分からないな。
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      6/20/2008: やっと理解した。