ryuon

• 
  Brownian dynamics
  • 
    検証 run - 粒子編。
    • 
      bue9 で週末走らせておいた結果： JGdP だと dt=5e-5 は問題なし。 dt=0.0005 だと途中で止まってた。
• 
  bue9(SUSE-Linux) の RYUON の整備。
  • 
    libstokes の pgcc 版ができた。 が、結果は期待はずれ。
  • 
    ということで、 bue9(SUSE-Linux) では gcc -mtune=opteron -m64 -O3 で行くことにする。
  
  
  • 
    最新版に更新して、 bench3 -all を仕込んでおく。
  
  
• 
  高速化の試み（前処理）。
  • 
    週末集めた文献を印刷しておく。
  • 
    ILU の勉強（というか、 LU 分解（Gaussian elimination）のおさらい）。
    • 
      なるほど、手を抜いているのは sparsity で、 dense なら普通の LU か。
    • 
      実際にテスト・コードを書いて確認。