プログラムとか眺めると、ミニ・シンポとか面白そうだなぁと思う。 どうせ行けないので (cf.7/31/2007)、 せめて刺激だけでも受けて、いい方に発散させねば。

計算開始。 まずは blob を幾つか仕込んでおく。

Brownian dynamics 時間発展スキーム。 最近の勉強結果を ノートにまとめる。(tex/note/20070913-brownian/brownian.tex) semi-implicit scheme の再勉強。 Hsieh et al (2003) をもう一度読む。 前に気になったポイントはやっぱり typo だよな。 6/20/2008 …

office に一番乗りであった。

新しく来たポスドクのセミナー。これまでの仕事と、ここではじめた仕事を網羅的に。 詳細はすっとばされていたて、よく分からなかった。 1/24/2008: 新しい人のセミナー。 議論は色々と白熱していた。メインは「そのアプローチは古い」的なコメント。 端的に…

復活。 調べたら 1/7/2004 以来だ。 やれやれ。 契機は先日（11/6/2007） 見つけた論文（Abade and Cunha 2007）。 錯綜しているwebノートの情報を整理（プロジェクトの統廃合）。 現実的な（比較的短期的な）プランを立てよう。 12/2/2003 に 立てたプラン…

Brownian dynamics bue9(SUSE-Linux) の RYUON の整備。 pgcc の compile, 大きいものは optimize なしにする。依然 compile 中。 検証 run - 粒子編。 reject 版での検証。 こいつも、一旦ハマると抜け出せない模様。 全スキームで挙動を一通り押さえる。 B…

いや、思い出せないくらい本当に久しぶりだった。 結構、ゆっくりと時間を過ごした。 女性陣（というか、その内一方だけ、かな？）が主導的な話題展開であったようにも思うが、 まぁ、よかったんではないだろうか。

何か乗らない時には、勉強でもしようということで、積ん読の消化。 Benes et al (2007) PRE 沈殿の話（実験）。 Peclet number を振っているのがミソ。 面白そうなので、後できちんと読んでおこう。 Imparato et al (2007) PRE Brownian dynamics の流れで見…

Brownian dynamics 検証 run - 粒子編。 bue9 の結果のチェック、続き。 昨日仕込んでおいた結果（BB03）も、やっぱり止まっていた。 時間刻みを更に下げる（が、結果は同じ）。 stvis-vtk.py の時間表示を直しておく。 （%.1f が切り捨てではないのが混乱の…

論文 計画では 先週５０％進める予定だったもの（が進捗０％）。 まずは remind しておく。 (9/24/2007) 3/11/2008: remind (again...) 11/26/2007: 愚痴。 11/30/2007: 月刊レポート１２月号。 1/18/2008: 再始動。

Brownian dynamics 検証 run - 粒子編。 bue9 の結果のチェック。 予期してない変な挙動（更新が止まる）が見られる。 local でも確認してみるが、同様。 更にチェック中。

Phys. Fluids と PR をサラッと眺め、いくつか印刷。

もちろん借家だが、大家が入れという手紙をよこしてきたので。 どうもあちらの（保険会社の）都合らしい。 基本的に建物はあちらの保険がカバーするが、 大家に落ち度がない場合、保険会社がテナントを訴える場合があるんだそうな。

weather channel を見ると、どうも警報が出ているらしい。

Brownian dynamics benchmark 続き。 mid-point algorithm で比較してみる。 結果は、全行列版が一つ遅く、 chebyshev 版は行列も atimes もほとんど同じ。 つまり、 bottleneck は FB の構成という、 予想された結果に落ち着いた。

Brownian dynamics cholesky と chebyshev 及び matrix と atimes の benchmark をしておく。 時間積分は semi-implicit, Pe = 1 で flow は、なし。 結果： 確かに N>21 で chebyshev-atimes が一番速くなっているが、 スケーリングは N3 みたい。 挙動が理…

RYUON/stokes/stvis-vtk.py の改良。 DNA の結果を見るために、 bond を書くようにする。 vtk で線を書く方法を調べるのに結構手間取った。 以下、まとめ。 vtkTubeFilter で tube が作れる。 vtkTubeFilter は vtkPolyData をとる。 vtkPolyData の作り方：…

pv の jack 化をちょっと整理 (cf.10/21/2007)。 とりあえず stereo 化した。 しかし音が割れる。 pitch を下げる（と hop サイズが大きくなり負荷が減る）とマシになるが、 戻すと前よりひどかったり、使い物にならない。 bottleneck がどこか探ってみるが…

Brownian dynamics 検証 run - 粒子編。 昨日の結果（dtの小さいもの）を見る。 うぅむ、よく分からなくなってきた。 時間積分 scheme の違いを押さえておく。 bue9 でも２つ計算を流しておく。

先日、「work permit が切れるので新しいのを持ってこい」 という手紙をもらってたので。 そう言えば、 alberta に来て一番にしたことは、この手続きだった (cf.12/28/2006)。 仕事の契約はズルズルと延びて大変だったのだが、 その関係で申請時にはまだ古い…

付記：ってことで、気付いたら、最近続けていた筋トレもサボってた。

Brownian dynamics 検証 run - 粒子編。 昨日の結果（dt を振ったもの）を見比べてみる。 なるほど、一番小さい刻みだとそれなり。 確認のため、もう少し小さいものを流しておく。 SUSE-Linux に BD 導入後の RYUON に upgrade しておく。 libstokes/test で…

昨日の thesis から引っ張ってきた論文など、印刷。

そもそも文学音痴なので「雨ニモマケズ」と言えば冒頭の二節くらいしか頭にないのだが、 それにつけても宮沢賢治はよいね。 『雨ニモマケズ』の後半はこんなリフレインである。 以下の引用には、グラッと来てしまった。 〔雨ニモマケズ〕宮澤賢治@aozora

大学の実験家との共同研究。 今日ボスからメールが転送されてきた。 これは前回のこちらからのメール（10/15/2007 の日付）への返信。 久しぶりに alex に会いにいく。 で、あちらの学生の thesis を貸してもらった。 11/26/2007: 相棒が催促メールを出す。

Brownian dynamics 検証 run - 粒子編。 10/25/2007 の案件に戻ってきた、 ということ。 diffusion.scm をまず解析…… するための script をまず書く（ana-diff.py）。 結果を眺める。何か変だ。 12/14/2007: ana-diff.py は bug だらけだった。

確かに、いつもよりも人出が多い（と言っても、非常識な程ではない）。 見返してみると、５月以来かな。 2/6/2007:２月 3/6/2007:３月 4/3/2007:４月 5/1/2007:５月 11/6/2007:１１月 6/3/2008:２００８年６月

何でもよいからFEMのたたき台を書こう。 今回は Zienkiewicz, Taylor "The finite element method" をベースにいこうと思い、今まで印刷している部分を確認。 印刷してある部分に一通り目を通したが、全然、頭に入ってこない。 前に到達していた地点 から遥…