ryuon

• 
  ずっと気になってた NetCDF を使ってみた。
• 
  よしっと言って、本腰を入れてみると、なるほど、これはもっと早くに使うべきであった
• 
  ポイントは
  1. 
     データの可搬性(ってのは NetCDF の一番のポイントらしい)
  2. 
     データの入出力の保証 (fprintf で %.17e して fscanf で %lf とかみっともないことする必要がない)
  3. 
     バイナリなので fprintf-fscanf なテキストファイルよりも小さい (まぁ普通はそれを gzip なり bz2 なりで圧縮するけれども)
  4. 
     データの付加情報をデータに付けられる
• 
  最後の「付加情報」の一つとして次元も与えることが出来る。
  • 
    なので、件の yet another UDF については、やっぱり、そんな「車輪の再発明」なんかしないで NetCDF を宣伝する方が正解だろう (結果としての happy が大きいだろう)
  • 
    本当の innovation と「車輪の再発明」的態度 (というか"create it" 的態度) の線引きは微妙なんだろうけれど、これまたアラン・ケイの 別の言葉を思い出す。
  • 
    一つの自明なこととして、独自ファイル形式と「囲い込み」の関係があるけれど、 この場合そこに真意はないと思いたい。 そもそもこれって事実だと思うし。
• 
  私の場合これまで何が障壁になっていたのか、をきちんと認識することは大事だろう
  • 
    tutorial が grid data を主に扱っていて、 粒子系なデータにおける必然性が分からなかった
  • 
    時系列データの扱いが、よく分からなかった (というか、そこまで読むこちらの気力が無かった)
  • 
    総じて、 document が抽象的すぎるんだろう。 (つまり、頭の良すぎる document と言えるんだろうけど)
  • 
    自分の project にそういうことの無いように気を付けた方がよいな
• 
  で、そういう私の trivial な疑問に対する答え:
  • 
    粒子系なデータは一次元配列で扱う (と書くと当り前だな、事実、本当にそのとおり 当り前なんだけど)
  • 
    場所 x は他の粒子データ (例えば速度 U) と同様に 普通の変数とする
  • 
    時系列は unlimited な次元というのが使える
• 
  とりあえず作ってみた NetCDF file の構造
  • 
    自分の場合 C で書くとき、ベクトルも行列もベタっと一次元配列だけですませる
  • 
    ベクトルの場合は r[np*3] と取って r=(x0,y0,z0, x1,y1,z1, ...) と並べる。
  • 
    なので、空間次元の 3 を vec として陽に導入して、以下のように定義してみた

    
    
    netcdf test {
    
    dimensions:
    
            p = 256 ;
    
            vec = 3 ;
    
            time = UNLIMITED ;
    
    variables:
    
            int p(p) ;
    
            int vec(vec) ;
    
            int time(time) ;
    
            double x0(p, vec) ;
    
                    x0:long_name = "positions of particle center at t0" ;
    
            double x(time, p, vec) ;
    
                    x:long_name = "positions of particle center" ;
    
            double U(time, p, vec) ;
    
                    U:long_name = "translational velocities" ;
    
    data:
     p = 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 
    
    ...中略...
    
        248, 249, 250, 251, 252, 253, 254, 255 ;
     vec = 0, 1, 2 ;
    ...以下省略...
    }
    
       

  • 
    こうすれば普通にその C の pointer を NetCDF に渡すことができる。
• 
  5/15/2007: CDF というものを見つける
• 
  10/6/2008: stnc utility tool の stnc を書き始める。