ryuon

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  Brownian dynamics
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    ある文献 (Lopez and Graham, Phys. Fluids 2007) を見つけた。
    
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      我々の論文が appendix に引用してある。めずらしく正しい引用だ。
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      （昔話）個人的にはこの仕事が出来たことで、 研究の道で本当に食っていこうと思った、そういう思い入れのある論文だ。
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        10/20/2000: ターニング・ポイント。
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        10/9/2010: ちょっと昔を振り返ってみた
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    テスト計算 - particle 編。
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      reference として dave の論文を印刷しておく。 （ここ数日、家で探していたのだけど見つからないので断念した。）
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      設定ファイルを作って run.
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        しかし core-dump したり、思うように動かない。
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        overlap は hard-core metropolis 的に、 ただ reject して新しい力を再計算することにする。
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        F version から、ボチボチと押さえていく。
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        何とか FT まで、３つのスキームで、それなりに走るようになった。 （結果は見ていない。）
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        しかし、 FTS で頓挫。 形式的に自然 mobility 問題を解いているのだが、 その行列の固有値に負値が含まれるようだ。
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      11/7/2007: 復活。
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    テスト計算 - DNA 編。
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      粒子版は、少し知恵待ち。 ということで、 DNA の F version を先にする。
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      まずは、先日組み上げた粒子間力（バネと EV 両方）を組み込む。 とりあえず mid-point のみ。