ryuon
WLC:
HI 込み flow 中の DNA:
HI 版 porous から。 初期配置を作るのが第一歩だな……。
confinement 系:
porous でトラブる。
原因は初期配置で overlap 回避にジグザグ配置を作ったのだが、 とんがっている部分が不安定になってた(当たり前)。
むしろ straight から LJ を緩めて始めて、ゆっくり絞っていく方がよい (手間はかかるけど)。
stokes3.c の外力の扱いが、 poly の時にいらぬお節介をしている。
そうした当時の理由が既に記憶にないが、 むしろ直接指定できるようにする方がよいので、 取り合えず comment out しておく。
何かしかし思うように動かないなあ……。