ryuon

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  高速な implicit algorithm の実装：
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    fastSI のテスト、昨日の続き：
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      見つけた bugs:
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        radius の設定が矛盾したものだった。修正後、 N=3 の場合は全部クリアした。 N=100 にすると、ダメ……。
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      あとは dt を調整することで、通るようになった、ということにする。
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    libstokes に引越し：
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      まずはブツ（bd-imp-fast.[ch]）を libstokes/src に移動。
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      テスト・コードは check-bd-imp-fast.[ch] として libstokes/test に。
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      bd-imp-fast.c に入れていた BONDS_calc_force_spring_i を bonds.c に移動。
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      test-all.c に fastSI 関係を入れる。
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        順序による挙動の変化に遭遇。
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          eps が微妙に変化している。
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          一つ間違い発見： BD_imp の z[] の初期化をしていなかった。
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            BD_imp_init 時に calloc にしておく。
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            test 用の BD_imp 設定時にも陽に zero clear しておく。
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        まだ、若干の順序依存が出ている……調査中。
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        7/26/2008: 終了（とする）。