ryuon

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  高速な implicit algorithm の実装、 libstokes への merge:
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    旧 bonds から新 BONDS への変更を断行：
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      bonds-groups は（まだどこでも使われていないが）そのまま import.
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      bonds と bonds-guile は bonds-new と bonds-new-guile で置き換え。
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        plan 通り、とりあえず struct list_ex は外しておく。
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      旧 bonds を使っているものを新 BONDS に書き換え。
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      excluded-volume の処理を書き直す。
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        これまでの実装が旧 bonds べったりだったため。
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        それなりの理由はあったけど、設計が悪いということで、 bonds と独立に書き下ろす。
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        guile の wrapper (excluded-volume-guile) も書き換えた。
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      これで終わったかと思ったら、 stokes->ex_lub をコメントアウトしておく必要があった。 （struct list_ex を外しておくため。）
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      現状でテストを確認。
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        list-ex のチェックは（もちろん）はずす。
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        何か全部問題なく動いているみたい（半信半疑）。 ……あ、当たり前か。よく見たら陽に bonds をチェックしていないや。
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      で、今までなかった bonds のテスト・コードを書く。 guile wrapper のチェックのみ(check-bonds-guile.c)。
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      あと、今回書き直した excluded-voulme についてもテストが同様になかったので、 これまた guile wrapper のみチェックを書いておく(check-excluded-volume-guile.c)。
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        一瞬、うまく動いていないなくて焦るが。 変数の次元ありとなしの混同だった。
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      ということで、 phase 1 終了。 （cf. 7/14/2008）
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      7/17/2008: と言いつつ、 phase 1 の残り部分があった。